La Catedral tiene tres órganos en perfecto funcionamiento.
El órgano grande del lado del evangelio se inauguró el año 1772. Tiene tres teclados y acaba de ser restaurado por el organero segoviano Joaquín Lois, quien le ha devuelto su esplendor primitivo barroco ya que había sufrido alguna transformación romántica.
El del lado de la epístola es setenta años más antiguo, del año 1702, y tiene un solo teclado, pero es perfecto en su género. Las cajas de ambos son similares y de una arquitectura grandiosa.
El tercer órgano es un realejo, más pequeño y portátil, que se sacaba en la procesión del Corpus. Es de la misma época, del siglo XVIII y se usa en el culto habitual de la Capilla del Santísimo Sacramento.
Guía, Alfonso Mª Frechel Merino, desde 1987 es Canónigo Prefecto de Música de la Catedral de Segovia, cargo que ejerce simultáneamente con el de Canciller del Obispado y otros. Es Prelado de Honor de Su Santidad. Ha dirigido la Capilla “Regina Pacis” de la Catedral durante 24 años y ha dirigido durante 25
años el Villancico de San Frutos, abriéndolo al pueblo segoviano. Preside la Asociación “Correa de Arauxo” de amigos del órgano de Segovia. Ha colaborado y sigue colaborando con todas las instituciones musicales de Segovia.
