Situada en el antiguo Arrabal Mayor o Arrabal de San Millán, centro de la antigua morería y que fue el más bello de la ciudad. Se conservó hasta que a mediados del pasado siglo que se modificó sin ningún respeto urbanístico. Afortunadamente sobrevivió la iglesia de San Millán que no solo es uno de los mejores templos de la ciudad sino del románico español, y fue declarado Monumento Nacional el 3 de junio de 1931.

Alcanza las mismas dimensiones que algunas catedrales como lo demuestran sus 50 metros de longitud y sus 20 metros de altura hasta la cúpula del transepto .

Su construcción se llevó a cabo entre 1111 y 1126 durante el reinado de Alfonso I el Batallador. Sufrió añadidos en el siglo XIII y reformas en el XVII

Tiene planta de tres naves separadas mediante arcos formeros de medio punto que cabalgan al modo de pilares cruciformes con semicolumnas adosadas alternando con grandes columnas exentas.

El crucero sobresale en altura pero no en planta. Su cabecera es triabsidial, aunque posteriormente se alzó un cuarto ábside que alberga la sacristía.

Los capiteles poseen un amplio repertorio escultórico que muestra el viaje de los Magos a Belén, la Virgen y el Niño y la Huida del Egipto

El templo posee tres accesos, siendo el más monumental el practicado en el hastial occidental. El abierto al norte es el más sencillo, mientras que la portada meridional recibe un tímpano de enigmática iconografía. 

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