La iglesia románica de San Juan de los Caballeros es el edificio histórico en el que actualmente se enclava el Museo Zuloaga.

Las excavaciones realizadas en este espacio sacro en décadas anteriores han permitido constatar que en este emplazamiento se levanta un edificio visigodo del siglo VI d. C.

Con la llegada de la repoblación a partir del siglo X, el edificio originariamente visigodo es objeto de toda una serie de reformas estructurales que van dotando a esta iglesia del marcado carácter románico que muestra en la actualidad. De tal forma, entre los siglos XI y XIII los muros laterales se amplían, se levantan los tres ábsides que coronan la cabecera de este edificio cultural y se llevan a ejecución tanto el atrio como la torre. No hay que olvidar que desde un punto de vista decorativo, la iglesia de San Juan de los Caballeros es uno de los ejemplos más notables del románico segoviano.

Tras un periodo de prosperidad hasta bien avanzado el siglo XVII, la vida de la parroquia decae. Sus campanas son fundidas en el primer cuarto del siglo XIX, siendo empleado este antiguo espacio cultual como almacén de piezas desamortizadas, de maderas o garaje de coches fúnebres.

Será a principios del siglo XX, año 1905, cuando San Juan de los Caballeros en un estado semiarruinado, es comprada por Daniel Zuloaga. Tras reformarla, convierte este templo en taller, almacén y oficina de ventas de sus cerámicas y sus antigüedades .Construye sus hornos en la capilla localizada en el lateral norte y su vivienda sobre la cubierta de la nave central.

Hasta su muerte, en 1921, Daniel colaboró estrechamente con sus hijos (Teodora, Cándida, Esperanza y Juan) y con su sobrino Ignacio de Zuloaga, que pintó en la iglesia hasta 1915. La interacción de estas dos figuras de referencia en el arte español, Daniel e Ignacio, tendrá como consecuencia directa que el nombre de Segovia se difunda por todo el mundo.